Ənənəvi Aykido ilk dəfə olaraq Azərbaycanda 1990-cı illərin əvvəlində öyrənilməyə başlanmışdır. Aykidonin Azərbaycanda quruçusu Sensey Fərhad Ələskərovdur. Sensey Fərhad Ələsgərov 1990-cı ilin əvvəllərində Azərbaycanda ilk Aykido Dojo-nu Bakı şəhərində yaradır və dərs keçməyə başlayır. 30.06.1992-ci ildə Azərbaycanda ilk Aikido təşkilatı «Aikido Mərkəzi»ni Ədliyyə Nazirliyində qeydiyyatdan keçirir. Azərbaycanda Aikido üzrə ilk yaradılan ictimai təşkilat Azərbaycan Aykido Federasiyası oldu. Federasiya 13 iyul 1994-cü ildə Azərbaycan Respublikası Ədliyyə Nazirliyində dövlət qeydiyyatdan keçmişdir. Federasiyaya prezidenti Sensey Fərhad Ələsgərovdur. Bu günə qədər Azərbaycanda yaradılan və fəaliyyət göstərən digər Aykido təşkilatlarının rəhbərləri və məşqçiləri, Federasiyanın yetirmələridilər. Federasiyanın prezidenti Sensey Fərhad Ələsgərov, eyni anda federasiyanın texniki direktoru və Azərbaycan Aikido Mərkəzinin rəhbəridir. Sensey Fərhad Ələskərov,  Azərbaycan Respublikasının Əməkdar Məşqçisi fəxri adına layiq görülmüşdür. 2011-ci ildə Azərbaycan Aykido Federasiyası əlaqələrini Aykikay Fondu Dünya Aykido Qərargahı olan Aykidonun banisi O Sensey Morixey Ueşibanın yolunun davamçısı Aykido Hombu Dojo ilə əlaqələrini tam kəsdi və milli Aykido stili üzrə özəl fəaliyyətə başladı. 2012-ci ildə Gənclər və İdman Nazirliyinin federasiyaları yenidən akkreditasiya etdiyi zaman, Azərbaycan Aykido Federasiyası akkreditasiyadan keçə bilmədi və federasiya statusunu itirdi. Buna baxmayaraq Azərbaycan Aykido Federasiyası qanunvericiliyə uyğun olaraq, Azərbaycan Respublikası Ədliyyə Nazirliyində dövlət qeydiyyatda federasiya adını saxlamaqdadır və fəaliyyətinə davam etməkdədir.

Hal-hazırda Aykikay Fondu Dünya Aykido Qərargahının Azərbaycanda üzvü olan 3 (üç) Aykido Təşkilatları fəaliyyət göstərməkdədir. Bu təşkilatlar Azərbaycan Aykikay Aykido Klubları İctimai Birliyi (Sədr İlham Quliyev 5-ci Dan), Azərbaycan Sakura Aykido Məktəbi Məhdud Məsuliyyətli Cəmiyyəti (Direktor Tural Süleymanlı 3-cü Dan) və Azərbaycan Mugenryu Kobudo İdman Klubu İctimai Birliyidir (Sədr Bəxtiyar Zeynalov 4-cü).