Традиционное айкидо впервые начали изучать в Азербайджане в начале 1990-х годов. Основателем айкидо в Азербайджане является Сэнсэй Фархад Алескеров. В начале 1990-х годов Сэнсэй Фархад Алескеров основал в Баку первое в Азербайджане Додзё Айкидо и начал преподавать. 30 июня 1992 года в Министерстве Юстиции была зарегистрирована первая в Азербайджане организация айкидо — «Центр Айкидо». Первой общественной организацией, созданной для Айкидо в Азербайджане, стала Федерация Айкидо Азербайджана. Федерация была зарегистрирована в Министерстве Юстиции Азербайджанской Республики 13 июля 1994 года. Президентом Федерации является Сэнсэй Фархад Алескеров. Руководители и тренеры других организаций Айкидо, созданных и действующих в Азербайджане по сей день, являются выпускниками Федерации. Президент федерации Сэнсэй Фархад Алескеров является также техническим директором федерации и руководителем Азербайджанского Центра Айкидо. Сэнсею Фархаду Алескерову присвоено почетное звание «Заслуженный тренер Азербайджанской Республики». В 2011 году Федерация Айкидо Азербайджана полностью разорвала связи с Айкидо Хомбу Додзё, продолжателем пути основателя Айкидо О Сенсея Морихея Уэсибы, Фондом Айкикай, Всемирной штаб-квартирой Айкидо и начала частную деятельность в национальном стиле Айкидо. Когда в 2012 году Министерство Молодежи и Спорта провело повторную аккредитацию федераций, Федерация Айкидо Азербайджана не прошла аккредитацию и утратила статус федерации. Несмотря на это, Федерация Айкидо Азербайджана в соответствии с законодательством сохраняет наименование федерации в государственной регистрации в Министерстве Юстиции Азербайджанской Республики и продолжает свою деятельность.

В настоящее время в Азербайджане действуют 3 (три) организации айкидо, входящие в состав Всемирной Штаб-Квартиры Айкидо Фонда Айкикай. Этими организациями являются Общественное Объединение «Клубов Айкидо Айкикай» Азербайджана (Председатель Ильхам Гулиев, 5-й Дан), Общество с Ограниченной Ответственностью «Школа Айкидо «Сакура» Азербайджана (Директор Турал Сулейманлы, 3-й Дан) и Общественное Объединение «Спортивный Клуб Мугенрю Кобудо» Азербайджана (Председатель Бахтияр Зейналов, 4-й Дан).